Apache 2.2.x tiende a proporcionar un mejor funcionamiento sobre las otras ramas, recomendaría alto el usar de él. También tiene mejor ayuda multithreading, haciéndole la versión preferred si usted está utilizando una configuración multi de la CPU. En lo que respecta al PHP, funcionaría cualquier versión es la más última de PHP5 a asegurarse que usted es hasta la fecha con arreglos de la seguridad y lo que no.