Chaituu - no estoy seguro yo entiendo el 100% la edición, pero mi recomendación basada en su descripción es crear la ventana móvil directo dentro del flash. Si se asume que su componente de destello cubre ya el área que usted quiere tener la ventana móvil adentro, esto es una mejor manera de ir, evita insectos potenciales del hojeador, le ahorra que tiene que tratar de Flash ExternalInterface y Javascript, y hace simple crear una ventana chromeless.
Usted puede también entonces hacer cosas frescas como la falta de definición hacia fuera el fondo o poner un recubrimiento transparente sobre elementos inactivos.
Por supuesto, esto requeriría un poco de la programación en flash - Im si se asume que le tiene esos recursos ya porque usted va a accionar estos popups dentro del flash.
Si usted necesita más ayuda, fijar por favor algunos específicos sobre cómo usted quisiera que el móvil trabajara.
Respetos,
Tom