Practicaba surf los detalles de apache en
http://httpd.apache.org/docs/1.3/howto/cgi.htmly
http://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/core.html#optionsel usuario de la incapacidad apache de ejecutar archivos no está allí.
sin embargo, usted puede evitar el problema, como esto:
a) ejecución del permiso solamente de un directorio específico
b) prohibir a usuario hacer daño usar selinux o el pax
b) no es trivial pero su la mejor cosa controlar lo que puede ejecutar el usuario de los WWW-datos y lo que no.