Hola
Si su base de datos no contiene ningunos datos después mueve los archivos del registro y del ibdata a alguna otra carpeta y recomenzar su servidor del mysql. si usted tiene los datos después intentan descargar toda la base de datos usar
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/forcing-recovery.html. después reinstalar el mysql y restaurar las bases de datos del mysql.
Esto pudo las ayudas