¿>> cómo puedo manejar MSDE a través de línea de comando sin osql y si instalo a ms SQL, interferirá conmigo base de datos actual de MSDE?
La autorización, confirma amablemente si usted tiene MSDE instalado ya en su máquina o no primero puesto que MSDE tiene osql instalado por abandono.
Debajo de acoplamiento le dirige cómo manejar MSDE usar osql
http://support.microsoft.com/kb/325003Y si usted instala ms SQL, después lo no interferirá con la base de datos del caso de MSDE pues crearía un nuevo caso y tendría todas las bases de datos en ella.