No tengo ninguna cierta respuestas, sino que podía resolver el problema. El sitio en la pregunta funcionaba en .NET 2.0 con la más vieja versión del System.Web.Extensions (el scripting, el JSON y la otra cosa). También utilizábamos el ASP.NET SqlMembershipProvider. Esto estaba también en una conexión de HTTPS (sin embargo si ésa era relacionada, no sabemos).
En nuestra investigación encontramos que el torneado encendido del trazado vía el web.config paró el problema. Asimismo, usar Charles mirar qué sucedía del cliente alejado parecía parar el problema. De acuerdo con esto calculamos que era más probable una edición lateral de cliente. La edición Firefox nunca afectado o el cromo, y nosotros podían encontrar otros con las ediciones donde Internet Explorer no enviaba las galletas ni tenía problemas con situaciones de la comunicación de la galleta particularmente. Sabiendo que un cambio en el servidor (que permite el trazado) pararía el retardo largo de la ocurrencia, razonamos que algo en la comunicación entre el sitio y los hojeadores del IE era el problema.
Fijar eso trabajada para nosotros:
Aumentamos el web.config y el sitio para utilizar 3.5 del grupo de la sección de system.web.extensions en los configSections, aumentamos los montajes, httpHandlers, httpModules, y agregamos en el system.codedom, secciones de system.webServer. Recompiled el sitio y cambiamos de frente el código al servidor y el problema se ha resuelto desde entonces.
Sospecho que la adición del system.codedom y del system.webServer era importante. Usar las más nuevas asambleas también puede haber desempeñado un papel.
Gracias,
Juan