Lo IE ha costruito in margini e riempimento che non spettano ai livelli W3. Potete generare uno stylesheet separato che soltanto lo IE può vedere per tutti i divs/scatole che non sono stati allineati correttamente in IE. Ci è un grande articolo qui:
http://www.456bereastreet.com/archive/200612/internet_explorer_and_the_css_box_model/