Una volta che avete vostra configurazione dei DOM analizzata XML, già fate il vostro modello dell'albero sviluppare.
Per traversare attraverso l'albero potete usare TreeWalker come qui
http://www.java-tips.org/java-se-tips/org.w3c.dom/how-to-traverse-the-dom-tree-using-treewalker-2.html