Não haverá nenhum problema.
Você pode mencionar que um trajeto diferente durante compila. Apenas atravessar ele é instalam instruções em como passar fazer nova do parâmetro do trajeto/para fazer para instalar o processo.
Esta maneira o Sqlite original e sua versão nova pode coexistir.
Funcionamento: A atenção do pagamento para funcionar o Sqlite novo dela é posição nova, especific o trajeto absoluto para funcioná-lo.
Eu espero que você sabe escrever o init e certificado da parada programada para começar & parar seu Sqlite novo instala, porque estas serão diferentes do que você já tem em seu /etc/init.d