Suas etapas são muito bem. Você pode usar a mesma exportação e usar o mesmo certificado em AIA e em troca 2003.
Não há nenhum impato a seu ambiente existente contanto que você não apontar seu registro de mail.company.com a sua troca 2010 CAS.
Antes de apontar seu mail.company.com externo gravar para trocar 2010 CAS, sugerem o teste todas as funcionalidades localmente…
Ter um olhar em:
http://ilantz.wordpress.com/2010/03/12/how-to-publish-exchange-2003-and-exchange-2010-with-isa-2006/