O trabalho menor de PCI-E nos maiores, apenas certifica-se que cabe. o fator de .small ou o grande facor na máquina. No bios você deve poder dizer que dispositivo você pode carreg e o cartão tem seu próprio bios.
Eu recomendaria realmente usar o QNAP com NFS se você pode, esta maneira que você pode adicionar anfitriões adicionais de ESX à mesma parte do NFS ou o iSCSI LUN e para começ o funcionamento dos VMs encerra os dados do anfitrião próprio.