Bem, recordar que em alguns casos você não terá um valor incremental na chave aglomerada, e às vezes há colunas múltiplas na chave aglomerada. Assim você terá em alguma fragmentação do ponto no índice aglomerado e aquele pode causar problemas de desempenho.
Recordar que você provavelmente nunca terá os índices da coberta (NC) em todas suas perguntas a menos que seu app for realmente simples, mas ter a chave aglomerada direita do índice e igualmente ter os índices direitos do NC, desempenho podem ser muito bons. Você terá que sempre manter seus índices porque você fileiras da inserção, da atualização e da supressão nas tabelas.
A fragmentação e as estatísticas serão seus problemas de desempenho e contanto que você tiver uma boa estratégia para prestar atenção e manter aos índices e também para detetar índices não utilizados e para os remover, você deve ser bom no desempenho. Há SEMPRE uma manutenção exigida em bases de dados.