Soa como se nós resolvemos sua pergunta original, mas agora você tem problemas com sua configuração do glassfish.
Eu penso que seria melhor atribuir pontos nesta pergunta e começar um novo no glassfish e no log4j, desde que o glassfish é sua própria área especial.
Tem você seguido as etapas recomendadas aqui?:
http://wiki.glassfish.java.net/Wiki.jsp?page=FaqCongifureLog4JCom esta nota adicional do autor da página acima:
http://weblogs.java.net/blog/schaefa/archive/2007/08/to_the_hell_wit_1.htmlEste artigo tem alguns bons pontos sobre o glassfish e o log4j também:
http://www.randombugs.com/java/glassfish/changing-logging-system-glassfish-21.html