Eu penso que é parte da configuração, a sincronização do Internet está somente disponível se seu usuário do sql e o usuário das janelas são versões da empresa.
O problema com execução da fusão no fim da noite contra ter as operações da fusão ocorre em uma base regular, é que você está funcionando uma probabilidade mais elevada que duas mudanças ao mesmo registro estejam feitas e precisem de ser reconciliadas quando o processo da fusão ocorre.
i.e. alguém no sucursal fêz uma mudança ao cliente número 10245465.
Alguém no escritório principal fêz uma mudança ao cliente número 10245465 também.
Dependendo de como você define/setup a lógica da resolução do conflito, as mudanças feitas na filial pôde ser rejeitado em favor das mudanças feitas no escritório principal.
http://www.replicationanswers.com/Merge.aspA outra edição é que você teria que transferir ao mesmo tempo um grande jogo de dados.
I.e. cada 15-30 minutos você pode precisar de transferir 300K dos dados cada maneira de refletir as mudanças ativas. Se você espera até a extremidade do negócio ou na noite, você pode terminar ter que acima transferir 2-3GB dos dados que precisariam de ser processados.