Eu surfava detalhes de apache em
http://httpd.apache.org/docs/1.3/howto/cgi.htmle
http://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/core.html#optionso usuário da desabilitação apache de executar limas não está lá.
entretanto, você pode contornar o problema, como este:
a) execução da licença somente de um diretório específico
b) proibir o usuário fazer dano using o selinux ou o pax
b) não é trivial mas seu a melhor coisa controlar o que o usuário dos WWW-dados pode executar e que não.