Você pode ter muitas versões da estrutura de .NET carregadas em um usuário. Mesmo se você tem 3.5 em seu usuário, você pode ainda instalar e funcionar aplicações com a estrutura 1.1.
Verific o ajuste do appPool para ver se há seu Web site e certificar-se que a versão correta da estrutura está selecionada para seu Web site (embora a configuração da correia fotorreceptora deve especific a versão correta de qualquer maneira).