Você significa que você tem 2 controladores do domínio (DCs) ou você tem dois domínios em uma floresta do ANÚNCIO.
Se você tem DCS dois em uma única floresta do domínio você somente tem que levantar o nível funcional uma vez para o domínio então a floresta. (você não precisa da fazer em cada C.C.)
Se você tem dois domínios você precisa de levantar o nível funcional do domínio em cada domínio então o nível funcional da floresta
http://technet.microsoft.com/en-us/library/understanding-active-directory-functional-levels(WS.10).aspx (achado agradável por Brian Desmond)
Você não pode ajustar o nível funcional do domínio a um valor que seja mais baixo do que o nível funcional da floresta, mas você pode ajustá-lo a um valor a que seja igual ou mais altamente do que o nível funcional da floresta.
Tanto quanto quebrará qualquer coisa eu não posso dizer 100% em seu ambiente mas é altamente improvável e tão perto a 100% como eu posso começ sem ser 100%:)
Obrigado
Mike