Olá!
Se sua base de dados não contem nenhuns dados a seguir move as limas do registro e do ibdata para algum outro dobrador e reiniciar seu usuário do mysql. se você tem os dados a seguir tentam despejar toda a base de dados using
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/forcing-recovery.html. então reinstalar o mysql e restaurar bases de dados do mysql.
Isto pôde ajudas