verific isto:
http://webscripts.softpedia.com/scriptDownload/Auto-Hide-Popup-Download-23045.htmlvocê cria uma janela escondida antes que o fim do usuário ele e quando a janela emergente deteta o pai esteja fechado (ajustar um temporizador para verific se window.opener é nulo) você funcionar um segundo temporizador para se mostrar após 5 minutos