A única maneira em torno do construtor pop-up é abrir a janela durante o alimentador de evento do clique. Você poderia executar um tipo da rotina do “sono” funcionando um laço até que o intervalo de parada esteja alcangado, de modo que todo o processamento ainda acontecesse no alimentador do clique (ver o exemplo aqui:
http://www.ozzu.com/programming-forum/javascript-sleep-function-t66049.html) . Entretanto estar ciente que em a maioria de navegadores você tem uma quantidade de tempo consideravelmente curta até que este certificado do navegador “não esteja” mensagem de resposta aparecer porque pensa que o certificado está furado em um laço sem resposta (que é essencialmente).