WPF usa a estrutura de .net quando o silverlight app usar a estrutura do pulgin do silverlight.
O namespace de XML é aliás para o conjunto, assim em caso de WPF a que o namespace refere o conjunto diferente do que aqueles do conjunto do silverlight.
Para saber mais sobre o que este namespace significa
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc189061(VS.95).aspx (Silverlight)
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms747086.aspx (WPF)
Tão logicamente resistente nós usamos o mesmo namespace em ambos lá somos diferença ligeira.