Вам нужно побежать adprep на главным образом машине 2008 регулятора домена сервера Windows для уточнения вашей инфраструктуры к схиме/пуще директории 2008 R2. Правильные инструменты adprep расположены на вашем диске установки R2 сервера 2008 Windows. Побегите adprep и после этого domainprep.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc771433(WS.10).aspx#BKMK_NewDCScenario