CodeDom genera a asambleas, y usted puede generarlas en memoria, o al disco. La clase de CompilerParameters tiene las características de GenerateInMemory y de GenerateExecutable, que pueden controlar cómo y donde se genera el código.
Ejemplo:
Calculadora de CodeDom - expresiones de evaluación de la matemáticas de C# dinámicamente
http://www.c-sharpcorner.com/uploadfile/mgold/codedomcalculator08082005003253am/codedomcalculator.aspx