Hola, usted puede utilizar el “rsync”, en modo de prueba (--seco-funcionar), para construir una lista de los archivos que tienen sumas de comprobación de diferenciación MD5, o faltar, entre un directorio local y alejado. También recurse en sub-directórios, a menos que usted lo diga de otra manera.
Él que Unix filetea, para las cuales hay puertos de Windows, pero personalmente prefiero el funcionar con de la versión de unix, debajo de Cygwin, en Windows.