Bonjour, vous pouvez employer le « rsync », dans le mode d'essai (--sec-courir), pour établir une liste des dossiers qui ont les sommes MD5 différentes, ou être absent, entre un annuaire local et à distance. Il également recurse dans des sous-répertoires, à moins que vous le disiez autrement.
Il qu'Unix usinent, pour lequel il y a des ports de Windows, mais personnellement je préfère courir la version d'unix, sous Cygwin, sur Windows.