Presumo que los archivos que usted tiene están nombrados algo como 126421.M826736P29173V0000805I028D001B_1.servername.domain.com, S=31796: ¿2, S?
Copiarlos (IE, ftp) al username/al correo domain.com/user/cur/ (o /home/username/mail/domain.com/user/cur/ de la carpeta si está abierto una sesión como raíz)
el *username* será su nombre de cuenta del cPanel
*domain.com* es la segunda mitad de su email address
el *user* es la primera mitad de su email address
Cuando usted transfiere después el correo vía POP3 o el IMAP o le registro en webmail, usted verá su email.