Esos archivos ocultados contienen la información las aplicaciones de un mac de determinar qué uso a utilizar a los archivos abiertos. Si se van los archivos a ser utilizados solamente en Windows, pueden ser suprimidos con seguridad.
http://serverfault.com/questions/15044/preventing-mac-os-x-clients-from-polluting-windows-shares-with-resource-forkshttp://www.macosxhints.com/article.php?story=20060623171530952