WPF utiliza el marco de .net mientras que el silverlight app utiliza el marco del pulgin del silverlight.
El namespace de XML está alias para la asamblea, tan en caso de WPF que el namespace refiere a diversa asamblea que los del montaje del silverlight.
Para saber más sobre lo que significa este namespace
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc189061(VS.95).aspx (Silverlight)
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms747086.aspx (WPF)
Tan lógicamente resistente utilizamos el mismo namespace en ambos allí somos diferencia leve.