WPF usa la struttura di .net mentre il silverlight app usa la struttura del pulgin del silverlight.
Il namespace di XML è altrimenti detto per l'assemblea, così nel caso di WPF che il namespace si riferisce all'assemblea differente che quelli dell'assemblea del silverlight.
Per per conoscere più circa che cosa questo namespace significa
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc189061(VS.95).aspx (Silverlight)
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms747086.aspx (WPF)
Così logicamente duro utilizziamo lo stesso namespace in entrambi là siamo leggera differenza.