El secundario no debe ser su ISO y éste es más que probablemente qué está causando el problema.
Cuando los clientes no pueden a las operaciones de búsqueda el servidor de SBS que invertirán al secundario, no volverán al primario a menos que el escondrijo del DNS se limpie con un chorro de agua manualmente o el secundario llega a ser inasequible.
Es mala práctica tenerla configurada esta manera y es más que probablemente causando su problema. Especialmente como él es intermitente.