Le secondaire ne devrait pas être votre OIN et c'est davantage que probablement ce qui pose le problème.
Quand les clients ne peuvent pas à la consultation le serveur de SBS qu'elle retournera au secondaire, elle ne retournera pas au primaire à moins que la cachette de DNS soit manuellement rincée ou le secondaire devient indisponible.
C'est mauvaise pratique pour l'avoir configurée de cette façon et est davantage que probablement posant votre problème. Particulièrement en tant que lui est intermittent.