Para sua encenação, eu penso que você pode fazer um projeto setup com o básico instala e outros projetos da instalação para a instalação média e grande.
Nota: (1) você pode adicionar um diálogo extra para especific o tipo da versão, mas como pode você parar o usuário para instalar a grande versão?
(2) CONTRA a instalação é inflexível nessa maneira, porque não há nenhum acesso ao código do msi. A ferramenta que oferece a compilação condicional é Installaware mas é caros:
http://www.installaware.com
