Olá!, você pode usar o “rsync”, na modalidade de teste (--seco-funcionar), para construir uma lista das limas que têm as somas de controle MD5 de deferimento, ou faltar, entre um diretório local e remoto. Igualmente recurse em sub-directórios, a menos que você o disser de outra maneira.
Ele que Unix utiliza ferramentas, para que há portos de Windows, mas pessoal eu prefiro funcionar a versão de unix, sob Cygwin, em Windows.