Yeah você pode rebatizar a C.C.; Daniel tem um bom blogue sobre o procedimento
http://www.petri.co.il/windows_2003_domain_controller_rename.htm
Certificar-se que todos os anfitriões/clientes que usarem a C.C. pelo hostname ser igualmente atualizado. Rebatizar uma C.C. é direto. Rebatizar um domínio envolveu muito mais.
Obrigado
Mike