como você pode ver na parte inferior de sua aplicação que você tem posições da lima indicadas e por exemplo essa primeira você selecionou é relacionado a sua aplicação de Java.
Eu duvido que MSE remova qualquer coisa que é necessário tão apenas vai adiante e suprima de tudo. Igualmente ir a malwarebytes.org e instalar sua aplicação e ver o que encontra enquanto está muito melhor em detetar ameaças do que MSE
Depois que seu espaço livre que sua máquina se certifica você atualiza o software do leitor de java, de flash e de adôbe em sua máquina