Quando você tiver o sistema no alerta de comando, tentar funcionar um chkdsk /p /r. A lima contaminada pode ter danificado o sistema.
http://www.microsoft.com/resources/documentation/windows/xp/all/proddocs/en-us/bootcons_chkdsk.mspx?mfr=true/p executa uma verificação exaustiva mesmo se a movimentação não é marcada para que o chkdsk funcione. Este parâmetro não faz nenhuma mudanças à movimentação.
/r encontra setores maus e recupera a informação legível. Implica /p.