Você não pode automaticamente evitar todo o MFC, mas você pode fornecer uma lista de classes ou de funções para evitar (como CString). Está aqui a seção do registro: (O 10.0 são para VS2010. Será diferente para versões anteriores do estúdio visual)
HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE
\ Microsoft
\ VisualStudio
\ 10.0 \
NativeDE \ StepOver
Mais informação pode ser encontrada em:
http://stackoverflow.com/questions/626744/is-there-a-way-to-automatically-avoiding-stepping-into-certain-functions-in-visua