Ваш вопрос не что DNS будет resolved домен cros для НЕКОТОРЫХ имен. Он не resolved для ВСЕХ имен. Windows делает некоторое местное разрешение где оно может.
Так в ответе на ваш вопрос .....
Не будет разницы. Не будет DNS problen влияющ на НЕКОТОРЫЕ машины.
Используйте политику группы, котор я вывесил выше для того чтобы принудить ВСЕ компьютеры к именам взгляда вверх как в xxxx.domain1.local, так и после этого в формах xxxx.domain2.local.