La regresión de X en Y y la regresión de Y en X son diversos procedimientos. Su código de Excel está tratando A1: A50 como el criterio (eje de Y) y B1: B50 como el calculador (eje de X). Su código de Java está tratando el stockReturn como X y el marketReturn como Y. ¿Este qué le piensan?
Es decir éstos deben producir la misma respuesta si el stockReturn está en B1: B50 y el marketReturn está en A1: A50. Si eso no es verdad, usted necesitará invertir uno de él.