A regressão de X em Y e a regressão de Y em X são procedimentos diferentes. Seu código de Excel está tratando A1: A50 como o critério (linha central de Y) e o B1: B50 como o predictor (linha central de X). Seu código de Java está tratando o stockReturn como X e o marketReturn como o Y. Este o que você é pretendido?
Ou seja estes devem produzir a mesma resposta se o stockReturn está no B1: B50 e o marketReturn estão no A1: A50. Se isso não é verdadeiro, você precisará de inverter um deles.