Hablando en t3erminos generales esto puede depender de lo que usted quiere hacer.
En algunos casos usted mi no poder utilizar procedimientos almacenados. pero hablando en t3erminos generales:
usar procedimientos almacenados mejora seguridad mucho, pues usted no puede “cortarlos fácilmente” por la inyección del código
Deben ser mucho más rápidos como se ejecutan enteramente en el servidor y si está hecho bien, él deben reducir la cantidad de datos transferidos entre el cliente y el servidor.
Así pues, como regla general, si usted puede hacer el trabajo con procedimientos almacenados, hacerlo.