Em linhas gerais isto pode depender do que você quer fazer.
Em alguns casos você meu para não poder usar procedimentos armazenados. mas em linhas gerais:
using procedimentos armazenados melhora a segurança muito, porque você não pode facilmente “os cortar” pela injeção do código
Devem ser muito mais rápidos como são executados inteiramente no usuário e se feito bem, ele devem reduzir a quantidade de dados transferidos entre o cliente e o usuário.
Assim, em regra geral, se você pode fazer o trabalho com procedimentos armazenados, fazê-lo.