Ha dimenticato di accennare che penso che il problema principale fosse che il primo luogo ho entrato a (OWA2010) sono stato definito come Intranet locale in IE, mentre il secondo luogo (OWA2003) non è stato definito come Intranet locale in IE.
Dopo l'eliminazione del primo luogo dalla lista locale di Intranet in IE, SSO che ha funzionato benissimo.