Glömde till omnämnande att I-funderare det huvudsakliga problemet var att den första platsen som jag loggade in till (OWA2010) definierades som lokalIntranet i IE, fördriver understödjaplatsen (OWA2003) inte definierades som lokalIntranet i IE.
Når du har tagit bort den första platsen från lokalintraneten, lista i IE, SSO som fint fungeras.