Que porcentagem das fileiras na tabela você está suprimindo?
Pôde ser mais rápido criar uma tabela nova, para introduzir as fileiras que você quer se manter, deixa cair a tabela original a seguir rebatiza a tabela nova.
criar a tabela new_table como (selecionar * de old_table onde rows_to_keep=1);
deixar cair a tabela old_table;
rebatizar new_table a old_table;