Что процент рядков в таблице вы уничтожаете?
Она могла быть быстроее создать новую таблицу, ввести рядки, котор вы хотите держать, падаете первоначально таблица тогда переименуете новую таблицу.
создайте таблицу new_table как (выберите * от old_table где rows_to_keep=1);
упадите таблица old_table;
переименуйте new_table к old_table;