Quando você usa o FQDN você significa o hostname cheio da C.C. que é o termo correto ou você significa o Domain Name ativo do diretório (IE. yourdomain.local)?
Se você especific yourdomain.local \ sysvol, irá ao primeiro que responde. Não há nenhum PDC nos domínios 2003+. Todo o replicate da DCS e pode aplicar atualizações.
Se há limas ou políticas que faltam da segunda C.C., você pode querer funcionar NETDIAG e DCDIAG para determinar por que.