Поднимать функциональный уровень пущи/домена только влияет на DCs вниз-уровня (!) для пущи/домена; члены и доверия домена не поврежденный этим.
Иначе говоря: да, вы можете иметь ОБЪЯВЛЕНИЕ W2k3 побежать в польностью функциональном уровне W2k3, с членами домена NT4 (DCs как раз не NT4 или W2k) и довериями к доменам NT4.