Boot VM с общим назначением как PartedMagic, используйте GParted для того чтобы уменьшить размер фактически HD, тогда используйте G4U которое включено в то distro для того чтобы сделать изображение HD VM к приводу сети или добавить 2-ой фактически привод к вашему VM и изображение к тому, тогда выключение VM, уничтожить первоначально HD, создать новое, более малое одно (сделайте конечно его не будет мало после этого размер, котор вы уменьшили его к с GParted раньше), и после этого снова boot using iso PartedMagic, и восстановите изображение вы сделали к новому HD.
http://partedmagic.com/