El IE ha construido en los márgenes y el acolchado que no están hasta los estándares W3. Usted puede crear un stylesheet separado que solamente el IE pueda ver para cualesquiera divs/caja que no se alineen correctamente en el IE. Hay un gran artículo aquí:
http://www.456bereastreet.com/archive/200612/internet_explorer_and_the_css_box_model/